Sebagai lembaga pendidikan yang mengkhususkan diri pada bidang agama Islam, Sumatera Thawalib bertujuan agar lulusannya dapat menjadi kader ulama, cendikiawan muslim, mubaligh dan guru agama Islam yang memiliki kemampuan dasar sebagai berikut :

• Menguasai ilmu alat, khususnya Bahasa Arab ( termasuk nahwu, Sharaf, Mantiq dan Balaghah).
• Menguasai Fiqh dan Ushul Fiqh, Tafsir dan Hadits
• Memiliki aqidah yang benar dan kuat
• Istiqamah dalam nilai-nilai Islam.
• Berakhlaq yang islami
• Terampil dan punya sikap mandiri
.
• Mampu mengajarkan agama Islam dengan dasar-dasar yang sudah dimiliki."

Visi Dan Misi
Sebagai langkah strategi pengembangan Madrasah ke depan, Yayasan Syekh Ibrahim Musa telah menetapkan visi dan misi sebagai berikut :

Visi :
MENJADIKAN MADRASAH SUMATERA THAWALIB PARABEK SEBAGAI PUSAT PENDIDIKAN UNGGULAN SECARA NASIONAL DALAM RANGKA PENGHAYATAN ATAS KEBESARAN ALLAH SWT

Misi :

1. Menghasilkan lulusan yang memiliki ilmu pengetahuan, keimanan dan ketaqwaan kepada Allah Swt.
2. Menghasilkan lulusan yang memiliki kemampuan integratif antara ilmu agama dan umum
3. Menghasilkan lulusan yang berkualitas dan mampu bersaing.
4. Menghasilkan lulusan yang memiliki jiwa kepemimpinan yang agamis

Sistem, Metoda dan Stategi Pendidikan
Hasil pembaharuan yang dicanangkan sejak dua tahun yang lalu, sistem, metoda dan strategi pendidikan disesuaikan dengan filosofi dasar yang telah diletakkan, yaitu pertama-tama kembali kepada "semangat" Inyiak Parabek, dan kedua mengkombinasikan sistem Madrasah dan sistem Surau atau Pesantren dalam satu paduan yang harmonis.

Dengan kembali kepada semangat Inyiak Parabek berarti bahwa sistem pendidikannya tetap dilandaskan kepada upaya "Tafaqqahu fiddin" yaitu bersungguh-sungguh dan berdalam-dalam ilmu agama dan dalam penghayatan beragama. Sekolah yang dituju, oleh karena itu, bukanlah sembarang sekolah, tetapi " sekolah agama" par excelence, yang tujuannya adalah untuk mempersiapkan anak didik untuk menjadi ulama dan ahli agama di masa depan.

Kedua sistem pendidikannya tidaklah hanya sekedar memberikan pelajaran agama tetapi sekaligus mengamalkannya. Dengan kata lain, yang dicari adalah "keseimbangan" yang harmonis antara aspek pengajaran dan pendidikan. Kegiatan intrakulikuler dibuat sinergis dengan kegiatan yang bersifat ekstra-kurikuler.

Tekanan kegiatan intra-kurikuler adalah pada program tatap muka antara guru dan murid di depan kelas melalui kurikulum dan silabus yang disusun secara sistematik dan bertingkat menurut jenjang pendidikan cara berkelas (kelas 1-6).

Sementara tekanan kegiatan ekstra-kurikuler adalah pada penghayatan terhadap pelajaran yang diterima di dalam kelas melalui: (1) Latihan Ibadah, yakni dengan membiasakan shalat berjamaah diawal waktu, membiasakan memperbanyak shalat-shalat sunnat, membiasakan I'tikaf di mesjid dengan mengahfal ayat-ayat dan mewiridkan dzikir dan shalat tahajjud, dsb; (2) Latihan Mu'amalah, memasukkan diri ke dalam masyarakat dan belajar melaksanakan tugas-tugas kemasyarakatan yang berkaitan dengan agama, seperti memandikan mayat, menggali kuburan, belajar memberikan pengajian agama, membimbing ibu-ibu dan anak-anak dalam mengaji Al Qur'an, ikut dalam tugas-tugas sosial-kemasyarakatan lainnya, dsb; (3) Latihan Keterampilan, baik keterampilamn dalam berpidato, bermudzakkarah, bermuhadharah, maupun berolah raga, kepanduan kesenian dsb); serta (4) Latihan Berorganisasi yang disalurkan melalui wadah OSIS dengan nama IPST (Ikatan Pelajar Sumatera Thawalib).

Sesuai dengan pedoman pengajaran dari Departemen Agama terhadap sekolah-sekolah agama (Islam), maka jenjang pendidikan di Sumatera Thawalib di bagi kedalam dua tingkat, Tingkat Tsanawiyah dan Tingkat Aliyah, yang masing-masing berjalan selama tiga tahun.

Yang diterima masuk Tsanawiyah adalah lulusan SD dengan syarat bisa membaca Al Qur'an dan berminat untuk mendalami ilmu-ilmu agama dan berkecimpung dalam kegiatan-kegiatan keagamaan.

Untuk masuk ke tingkat Aliyah juga bisa diterima lulusan Tsanawiyah dari madrasah-madrasah lain, dengan ketentuan bahwa pengetahuan agamanya adalah setingkat dangan Tsanawiyah kelas Tiga dari Parabek sendiri.

Dengan adanya dua jenjang pendidikan ini maka ada kemungkinan pada tingkat Aliyah menerima input dari Madrasah lain dan ada juga kemungkinan tamatan kelas tiga Madrasah Sumatera Thawalib transit ke sekolah lain.

Kurikulum

1. Intra Kurikuler
   Kurikulum yang dijalankan saat ini adalah perpaduan kurikulum identitas (khas MST) dengan kurikulum yang ada di Departemen Agama. Kurikulum dirancang sedemikian rupa sehingga berdaya guna dan mudah dicerna. Pada tahun pertama (Kelas I) ditekankan penguasaan Bahasa Arab dan pembinaan Ibadah, Bahasa Arab diajarkan 12 jam dalam seminggu, dengan arti kata belajar 2 jam pelajaran setiap hari dengan demikian pada kelas II seluruh pelajaran Agama diajarkan dengan bahasa pengatar Bahasa Arab karena Bahasa Arab sudah menjadi bahasa keseharian bagi para siswa. Sedangkan Bahasa Inggris di programkan di kelas II dengan porsi yang sama dengan Bahasa Arab di kelas I sehingga pada kelas III para siswa telah dapat memnguasai bahasa Arab dan Inggris sekaligus

untuk lebih jelasnya dapat dilihat di kurikulum
2. Extra Kurikuler
   Disamping mengikuti kegiatan belajar formal dipagi hari para siswa disibukkan dengan kegiatan extra pada sore hari, paket-paket tambahan belajar dan pembinaan keterampilan disediakan sesuai dengan bakat dan kemauan siswa. Paket tambahan tersebut terdiri dari :
   
   • Paket yang mesti diikuti siswa :
     1. Muhadharah untuk tingkat Tsanawiyah
     2. Muzakarah untuk tingkat Aliyah
     3. Tutorial pendalaman kitab (Ushul Fiqh, Ilmu hadits, Qawaid, dll) untuk tingkat Aliyah
     4. Komputer
   • Paket pilihan siswa berbakat
     • Bahasa Inggris Intensif
     • Bahasa Arab Intensif
     • Hafizh Al-quran
     • Elektronika
     • Jahit Menjahit
     • Bordir
     • Keputrian ( Masak-memasak, merangkai bunga dll)
     • Pencak silat
     • Bahasa Prancis
     • PMR
     • dll